Hinter den Flexiblen Mechanismen CDM (Clean Development Mechanism) und JI (Joint Implementation) steht die Idee, dass der Treibhauseffekt ein globales Problem darstellt und es von untergeordneter Bedeutung ist, wo die Emissionen gesenkt werden.

Vordergründig ist das Ziel, dass eine Reduktion zu den spezifisch geringeren Kosten stattfindet.

Zertifikate aus CDM-Projekten heißen CERs (Certified Emission Reductions) und können ab 2000 generiert werden. Zertifikate aus JI-Projekten werden als ERUs (Emission Reduction Units) bezeichnet und können ab 2008 generiert werden. Durch den Verkauf der Emissionszertifikate können Projekte zusätzliche Einkünfte generieren. Damit Emissionsreduktionseinheiten erzeugt werden können, muss ein Projekt im Rahmen des CDM oder JI ein komplexes Registrierungsverfahren durchlaufen und akzeptiert werden.

Verbindung mit dem EU Emissionshandel
Nach der sogenannten “EU-Linking-Directive” können CERs (ab 2005) wie auch ERUs (ab 2008) gleichwertig neben EUAs (EU-Allowances oder auf Deutsch Emissionsberechtigungen, auch EU-Emissionszertifikate) für die Pflichterfüllung im EU Emissionshandel verwendet werden. Die Maßeinheit für CERs, ERUs und EUAs ist 1 t CO2-Äquivalent. CDM und JI sind derzeit die einzige Möglichkeit, auch anderer Treibhausgase wie z.B. Methan in das EU-Emissionshandelsystem einzubeziehen.