In den nationalen Zuteilungsplänen wird die Gesamtmenge und die Verteilung der CO2-Emissionen festgelegt, die die Mitgliedstaaten den ansässigen Unternehmen gewähren und die dann von den Unternehmen gehandelt werden können. Dazu müssen die Mitgliedstaaten zunächst festlegen, wie viele Zertifikate sie im Zeitraum 2005 - 2007 insgesamt vergeben wollen und wie viele Zertifikate die am Emissionshandelssystem beteiligten Anlagen jeweils erhalten sollen.

Die Anzahl der Zertifikate, die ein Mitgliedstaat vergeben kann, wird durch die 11 Kriterien der EU Richtlinie Emissionshandel begrenzt. Diese schreibt nicht ausdrücklich eine bestimmte Anzahl von Zertifikaten vor, aber jeder Mitgliedstaat muss die Kriterien einhalten. Dadurch wird der Spielraum in der Praxis begrenzt. Wäre ein Mitgliedstaat bei der Vergabe von Zertifikaten zu großzügig, so würde nicht nur sein Plan wahrscheinlich einige der Kriterien verletzen, sondern der betreffende Mitgliedstaat wäre auch nicht in der Lage, den Emissionshandel als Instrument bei der Erfüllung seiner Kyoto-Verpflichtungen einzusetzen.
Grundidee des Systems ist, dass die Mitgliedstaaten die CO2-Emissionen des Energie- und Industriesektors mittels Vergabe von Emissionszertifikaten begrenzen und durch diese Kontingentierung der Emissionsrechte eine Verknappung derselben herbeiführen, so dass ein funktionierender Markt entsteht und in der Folge die Gesamtemissionen faktisch zurückgehen.

Bis zum 31. März 2004 (bzw. 1. Mai 2004 für die 10 neuen Mitgliedstaaten) musste jeder Mitgliedstaat einen nationalen Zuteilungsplan ausarbeiten und veröffentlichen. Bei der Entwicklung des europäischen Emissionshandels besteht ein enger Austausch der Mitgliedstaaten.
Die Prüfung der Nationalen Allokationspläne durch die Europäische Kommission ab April 2004 orientiert sich an dem Ziel der Erreichung der nationalen Kyoto-Ziele sowie an der Verwirklichung des Europäischen Binnenmarktes. Die Kommission muss die Pläne anhand von elf Zuteilungskriterien prüfen, die in der Richtlinie über den Emissionshandel festgelegt sind. Durch die wichtigsten Kriterien soll sichergestellt werden, dass die Pläne mit der Gesamtstrategie des jeweiligen Landes zur Erreichung seiner Kyoto-Ziele vereinbar sind. Andere Kriterien betreffen die Diskriminierungsfreiheit, die EU-Bestimmungen für Wettbewerb und staatliche Beihilfen sowie technische Aspekte. Die Kommission kann einen Plan ganz oder teilweise annehmen.

Die Zuständigkeit für die Beurteilung der Nationalen Allokationspläne liegt zwar ausschließlich bei der Kommission, die Richtlinie sieht jedoch vor, dass der aus Vertretern der Mitgliedstaaten bestehende Ausschuss für Klimaänderung jeden Plan prüft. Dieser Ausschuss stellt ein Forum zur Erörterung aller Pläne dar. Die Kommission, die in dem Ausschuss den Vorsitz führt, verfolgt diese Diskussionen und trägt den Ergebnissen in ihren Beurteilungen Rechnung.
Wird ein Plan ohne weitere Auflagen angenommen, kann der betreffende Mitgliedstaat die Zuteilung endgültig beschließen. Wird ein nationaler Zuteilungsplan ganz oder teilweise abgelehnt, so kann der betreffende Mitgliedstaat diesen Plan nicht in dieser Form umsetzen, d.h. er darf nicht die vorgesehene Zahl von Zertifikaten ausgeben. Die Kommission muss ihre Ablehnung begründen. Die Begründung ist für den Mitgliedstaat eine Richtschnur für seine Maßnahmen zur Anpassung des Plans an die Zuteilungskriterien. Falls die Mitgliedstaaten, deren Zuteilungspläne abgelehnt wurden, die vorgeschlagenen Änderungen der EU vornehmen, müssen sie ihre Pläne kein zweites Mal der Kommission vorlegen, sondern sind automatisch zum Emissionshandel berechtigt.

Die Verteilung der Emissionsrechte auf die Unternehmen muss natürlich nach transparenten, rechtsfesten Regeln erfolgen. Die Richtlinie macht dafür einige allgemeine Vorgaben. Die zugeteilten Zertifikatmenge muss mit dem (technischen) Potenzial der Anlagen zur Emissionsminderung vereinbar sein. Einzelne Unternehmen dürfen nicht willkürlich benachteiligt oder begünstigt sein. „Saubere“, energieeffiziente Technologien wie die Kraft-Wärme-Kopplung oder Brennstoffzellen sollen berücksichtigt werden. Die Mitgliedstaaten können aktive Leistungen, die Anlagenbetreiber in der Vergangenheit zur Reduktion von Emissionen erbracht haben – sogenannte early action – berücksichtigen.
Außerdem können die Mitgliedstaaten über die flexiblen projektbezogenen Kyoto-Instrumente, nämlich Joint Implementation, JI und Clean Development Mechanism, CDM, sowie über den internationalen Handel mit Emissionsrechten nach dem Kyoto-Protokoll Emissionsgutschriften erwerben. Diese Instrumente ermöglichen den Regierungen der teilnehmenden Staaten, Projekte zur Emissionsverringerung im Ausland zu verwirklichen und die erzielten Verringerungen auf ihre eigenen Kyoto-Ziele anzurechnen. JI-Projekte können in anderen Industriestaaten mit Kyoto-Zielen verwirklicht werden, während CDM-Projekte in Entwicklungsländern, die keine eigenen Klimaziele nach dem Kyoto-Protokoll haben und als Gastland fungieren, durchgeführt werden können. Entsprechende Maßnahmen und deren erwartete Ergebnisse müssen in den Zuteilungsplänen vermerkt sein.