Die EU Mitgliedstaaten sind verpflichtet, ein nationales Emissionsregister einzurichten und zu aktualisieren. Damit wird die genaue Verbuchung von Vergabe, Besitz, Übertragung und Löschung von Zertifikaten gewährleistet.

Es wird sich um ein rein elektronisches System handeln, so dass Zertifikate nicht auf Papier gedruckt werden, sondern nur in Online-Konten erscheinen. Jedes Unternehmen und jede Person, das/die Zertifikate kaufen oder verkaufen will, benötigt ein Konto.

Das Register ähnelt damit einem Banksystem, bei dem das Eigentum von Geld in Konten erfasst wird, jedoch nicht der Handel mit Gütern und Dienstleistungen, der dazu führt, dass Geld den Besitzer wechselt. Das Register ist daher kein Handelsplatz; die Entscheidung über den Handel mit Zertifikaten wird von den Marktteilnehmern getroffen.

Dieses Registrierungssystem ist vom eigentlichen Handel getrennt - nicht jeder Handel führt auch zu einer Übertragung des Eigentums an Zertifikaten, aber wo dieser Fall eintritt, wird dies im Register als Transfer zwischen Konten erfasst.

Ein Teil der Daten des Registers wird gemäß den UN-Bestimmungen und der Registerverordnung in bestimmten Abständen veröffentlicht. Dabei wird ein Ausgleich zwischen Transparenz in Umweltaspekten und der Wahrung von Geschäftsgeheimnissen angestrebt.